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某天早晨，不知為何失去了醒來前所有記憶的主人公，在旁邊放置的記錄本的指引下，為了尋找殺害<早見諫早>這個人的犯人，來到了某公寓的一室。在那裏的是一個名叫<玖條凜音>的女偵探。擁有可以還原時間的【魔女】(=Checkmate Witch】能力的她，透露了主人公自己的名字是<早見諫早>，是為了維持全球治安而暗中活動的組織【查明機構】的成員。為什麽被殺害，如果真的被殺害為什麽自己現在在這裏，為了解開這個謎團，早見尋求凜音的協助，作為【魔女】的眷屬開始了調查……