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冒険の舞台は、『ポケットモンスター Ｘ』『ポケットモンスター Ｙ』 にも登場したカロス地方の大都市「ミアレシティ」。
この街では人とポケモンの共存を目指した都市再開発計画が進んでおり、最新技術により整備された区画「ワイルドゾーン」には野生のポケモンたちが生息しています。
そんなミアレシティを観光で訪れた主人公は、「チコリータ」「ポカブ」「ワニノコ」から1匹をパートナーとして選び、仲間たちと共に、街で起こる様々な出来事や事件に挑みます。