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Makino Tomitaro nasceu em "岸屋", uma loja de saquê em Sagawa-mura, Kochi. Ele se destacou em seus estudos desde que era jovem. Sua avó esperava que ele fosse o herdeiro de uma família de comerciantes. Ele ficou fascinado pela botânica e foi para tóquio para se tornar um botânico. O botânico Makino Tomitaro, mais tarde chamado "o pai da botânica japonesa", retratou sua vida como um homem inocente e dedicado ao seu amor pelas plantas.